Près de 3,8 millions de morts par an sont liées à des infections fongiques dans le monde, selon une étude parue dans The Lancet Infectious Diseases. Le coupable n’est ni un virus ni une bactérie, mais une famille d’organismes qu’on range d’habitude du côté de la forêt ou de l’assiette. Face à eux, la médecine dispose de très peu d’armes.
Le chiffre surprend parce que ces maladies avancent dans l’ombre. Sur les millions d’espèces de champignons, une poignée seulement s’attaque à l’être humain. Mais quand elles frappent un organisme affaibli, elles tuent souvent, et de plus en plus de souches se moquent des traitements.
La même étude recense aussi 6,5 millions d’infections invasives chaque année. Les victimes ne sont pas des promeneurs imprudents, mais des patients déjà fragilisés : malades sous chimiothérapie, greffés, personnes en réanimation, porteurs d’un cathéter ou d’une sonde. Pour eux, une infection bénigne ailleurs peut tourner à la course contre la montre.
Trois familles de médicaments, pas plus
Voilà le cœur du problème. Contre les bactéries, les médecins jonglent avec des dizaines d’antibiotiques. Contre les champignons, ils n’ont que trois grandes familles d’antifongiques, et une seule se prend en comprimés, les azolés. Le reste passe par perfusion, à l’hôpital. Pour un médecin, une résistance qui se déclare, c’est puiser dans une trousse déjà presque vide, parfois sans solution de repli.
Mettre au point une nouvelle molécule prend des années et coûte une fortune. Un champignon ressemble bien plus à une cellule humaine qu’une bactérie, ce qui complique tout : un produit capable de le tuer risque d’abîmer aussi le patient. La pharmacie se vide donc plus vite qu’elle ne se remplit, et chaque résistance qui apparaît referme un peu plus la boîte à outils.
Candida auris, la levure qui résiste
Un nom revient sans cesse dans les alertes : Candida auris. Cette levure microscopique a surgi presque de nulle part, repérée pour la première fois en 2009 au Japon, avant de coloniser les hôpitaux de dizaines de pays. Elle s’accroche à la peau, aux blouses et aux lits, survit des semaines sur les surfaces et tient tête aux désinfectants courants.
Ses chiffres donnent le vertige. D’après les relevés hospitaliers, près de 90 % des souches résistent à au moins un antifongique, et près d’une sur trois à trois familles ou plus. Quand la levure gagne le sang d’un patient fragile, la mortalité grimpe, entre 30 et près de 60 % selon les études. Le Centre américain de contrôle des maladies, le CDC, la range parmi les menaces urgentes, et son équivalent européen, l’ECDC, suit sa progression sur le continent.
En Europe, l’histoire est récente. L’Espagne et le Royaume-Uni ont essuyé des foyers hospitaliers à partir de 2016, au point que certains services ont dû fermer le temps d’une décontamination. La France, où les premiers cas se comptaient sur les doigts d’une main, surveille désormais le moindre signalement.
La chaleur ouvre la porte
Pourquoi maintenant ? Une piste inquiète les chercheurs : le climat. Notre corps, à 37 degrés, a longtemps servi de rempart, trop chaud pour la plupart des champignons. À mesure que les étés s’étirent et que les vagues de chaleur se multiplient, certaines espèces apprennent à supporter des températures plus élevées, et donc à mieux tolérer la fièvre humaine.
Candida auris en est l’exemple troublant. La levure a émergé presque en même temps sur trois continents au début des années 2010, un scénario que plusieurs équipes relient à cette adaptation thermique. La canicule qui écrase l’Europe ces jours-ci n’est pas une cause directe, mais elle dessine le terrain sur lequel ces pathogènes prospèrent.
Les champs nourrissent la résistance
L’autre moteur se cache dans les campagnes. Les molécules qui soignent les patients, les azolés, sont aussi déversées par tonnes sur les cultures pour protéger blé, pommes de terre et fleurs des moisissures. Un champignon des sols, Aspergillus fumigatus, y forge des résistances avant même d’avoir croisé un malade.
Le mécanisme rappelle celui des antibiotiques dans l’élevage : à force d’exposer les microbes au produit, on sélectionne ceux qui y survivent. Quand un patient inhale ensuite ces spores, le traitement de référence peut se révéler inutile dès le premier jour.
Les spécialistes plaident pour une approche dite « One Health », qui surveille d’un même œil la santé humaine, animale et celle des cultures, au lieu de traiter chaque front dans son coin.
Une menace longtemps passée sous les radars
Les autorités sanitaires commencent à bouger. En 2022, l’Organisation mondiale de la santé a publié sa première liste des champignons les plus dangereux pour l’homme, façon de classer les pathogènes prioritaires, de Candida auris à l’Aspergillus, et de réclamer des financements et de la recherche. Des experts demandent aujourd’hui d’inscrire la résistance aux antifongiques dans la mise à jour 2026 du plan mondial contre la résistance aux antimicrobiens.
La fiction s’est emparée de cette peur, avec des séries où un champignon prend le contrôle de l’humanité. La réalité est plus discrète, et sans doute plus sérieuse : pas de contamination de masse, mais des malades qui meurent faute de traitement qui fonctionne encore.
Le combat reste feutré, en partie parce que les hôpitaux touchés communiquent peu, de peur d’effrayer leurs patients. L’enjeu, lui, est concret : sans nouveaux médicaments ni surveillance renforcée, des infections encore rares pourraient devenir banales dans les services les plus fragiles. La prochaine révision du plan mondial, attendue cette année, dira si les champignons sont enfin traités comme la menace que les chercheurs décrivent.
